Прогноз течения заболевания условно благоприятный, при адекватном иммунном статусе и у лиц не входящих в группы риска время заболевания не превышает 2 недель и заканчивается полным выздоровлением. Трудоспособность полностью восстанавливается.

При сниженном иммунитете, а также у лиц, входящих в группы риска, возможно развитие тяжелых, опасных для жизни осложнений.

Смертность при инфицировании данным вирусом не превышает смертность при поражении другими штаммами вируса[29][30][31]. Согласно данным Гарвардской школы общественного здоровья (на основе статистики, собранной в США, и модельных расчётов), смертность от свиного гриппа составляет 0,007 % от числа заболевших. Этот показатель ниже, чем у некоторых форм обычного сезонного гриппа[32].

После перенесенного свиного гриппа у человека появляется типоспецифический иммунитет примерно на 1 год.[33]