Выявление заболевания сопряжено для педиатра со значительными трудностями. Во-первых, если отсутствуют кожные проявления, то врожденный герпес можно заподозрить с той же вероятностью, что и многие другие патологии неонатального периода, в частности, внутриутробные инфекции, гипоксическую травму и т. д. Кроме того, часто выявление возбудителя не является доказательством герпетической инфекции, поскольку основная масса населения в мире имела контакт с данным вирусом. Тем не менее, основой диагностики является обнаружение самого вируса или его антигенов в разных средах, например, в содержимом везикул, крови, мазках из носо- и ротоглотки, цереброспинальной жидкости и др.