Некоторые патогенные бактерии резистентны к действию бактерицидных факторов тканей хозяина благодаря функциям некоторых структурных элементов. Так, поли-D-глютаматная капсула Bacillus anthracis предохраняет бактериальную клетку от катионных белков (дефенсинов) сывороток и фагоцитов. Поверхностная мембрана грамотрицательных бактерий является проницаемым барьером, но не для гидрофобных веществ, таких как желчные кислоты, обычно токсичных для бактерий. Поверхностные липополисахариды (ЛПС) грамотрицательных бактерий предохраняют клетки от комплемент-опосредованного лизиса и действия лизоцима. Кроме того, большинство бактерий обладает добавочными факторами, которые помогают им выстоять в борьбе с клеточными и гуморальными факторами защиты организма хозяина. Бактерии, которые захватываются и эффективно перевариваются фагоцитами, обычно не могут вызвать инфекционный процесс.