Заражение обычно происходит при употреблении немытых продуктов (зелень, овощи, фрукты, ягоды), загрязненной воды (с уличных колонок, родников и т.п.) или несоблюдении личной гигиены (через грязные руки, инфицированные предметы и пр.).При попадании в пищеварительный тракт бластоцисты проникают в толстый кишечник, где начинают активно размножаться. В процессе жизнедеятельности микроорганизмов выделяются токсины, проникающие в кровь и отравляющие организм.Также заболевание может возникнуть из-за нарушений в работе иммунной системы, что приведет к не контролируемому размножению микроорганизмов.