Условно факторы патогенности бактерий можно разделить на две большие группы. Первая группа факторов патогенности связана с генами адаптации, продукты которых обеспечивают адгезию и колонизацию организма внеклеточным паразитам или проникновение (инвазию) и размножение in vivo и распространение в ткани — внутриклеточным паразитам. Вторая группа связана с генами токсигенности и токсиногенезом, т. е. способностью патогенов продуцировать токсины. Данная группа прямо вовлечена в формирование собственно заболевания. Это не означает, что токсины не играют роли на первых этапах взаимодействия паразита и хозяина, а только указывает на их наиболее важную роль как специфических веществ. Важно помнить, что в настоящее время имеется множество видов патогенных бактерий, основной симптомокомплекс заболевания при которых связан с синтезируемыми ими специфическими токсинами. Для того чтобы вызвать инфекционный процесс, многие бактерии сначала должны прикрепиться к мукозальной поверхности.