Впервые бактериальный токсин был обнаружен в 1888 г. Ру и Йерсен сообщили, что безмикробные фильтраты Corynebacterium diphtheriae обладают летальным эффектом для морских свинок. Характер патологоанатомических изменений у погибших морских свинок после введения им фильтратов напоминал изменения, развивающиеся у этих животных после заражения летальной дозой живой культуры С. diphtheriae. Стало понятно, что не сам микроб, размножаясь в тканях макроорганизма, вызывает их поражение, а что эти поражения развиваются в результате действия специфических бактериальных продуктов, совокупность которых и стали называть «токсином». В последующем было обнаружено, что бесклеточные фильтраты Clostridium botulinum и Clostridium tetani также обладают летальным эффектом в отношении экспериментальных животных.