Характерная особенность системы воздухоносных путей — обнаружение разнообразных бактерий (в том числе патогенных) в верхних отделах и относительная стерильность зон газообмена. Поражения дыхательных путей доминируют среди всей инфекционной патологии. Материал отбирают с учётом симптомов, указывающих на поражение тех или иных отделов дыхательного тракта. Чаще исследуют слизь из носа, носоглотки, зева, мокроту и промывные воды бронхов. Значительно реже изучают биоптаты лёгких, аспираты трахеи. Микробы верхних дыхательных путей Материал забирают натощак до чистки зубов и споласкивания полостей рта, носа и глотки.