Бактериальные инфекции, устойчивые к антибиотикам, часто возникают у пациентов с хроническими воспалительными кишечными заболеваниями, такими как воспалительное заболевание кишечника, и у пациентов, которые принимали антибиотики в течение длительного времени. Грамотрицательные бактерии, такие как Enterobacteriaceae, являются частой причиной этих инфекций и имеют мало вариантов лечения. Трансплантация фекальной микробиоты показала, что может сдержать некоторые из этих инфекций, но ее состав различается между партиями, и она не всегда успешна.