При хорошей сопротивляемости организма цисты и просветные формы могут долго находиться в кишечнике, не вызывая заболевания. При неблагоприятных условиях (жаркий климат, плохое безбелковое питание, дисбактериоз) амебы с помощью собственных цитолизинов и протеолитических ферментов вызывают цитолиз эпителия толстой кишки с образованием язв и некроз тканей. При кишечном амебиазе патологический процесс развивается в нисходящем направлении; последовательно локализуясь в слепой, восходящей, ободочной, сигмовидной и прямой кишке. В типичных случаях слизистая гиперемирована, отечна, на ней образуются мелкие узелки с желтой точкой на вершине, мелкие эрозии. В узелках содержатся детрит и вегетативные формы гистолитической амебы.