Хотя при данном заболевании осложнения встречаются не очень часто, но могут быть очень грозными. Среди самых частых осложнений инфекционного мононуклеоза синуситы, пневмонии, отиты и паратонзиллиты. Единичными случаями могут быть: острая печёночная недостаточность, разрыв селезёнки, миокардит, острая гемолитическая анемия, неврит, полирадикулоневрит и менингоэнцефалит.

Гемолитическая анемия длиться в течение 1, 5 – 2 месяцев. Невысокая тромбоцитопения при инфекционном мононуклеозе не является осложнением и встречается очень часто. К осложнению обычно относят только тромбоцитопению , которая резко выражена.