Наиболее ответственным и трудным вне эпидемической ситуации является дифференциальный диагноз между ПТИ, протекающей по типу острого гастроэнтерита с наличием признаков обезвоживания, и холерой. Особенно большое сходство с холерой имеет ротавирусный гастроэнтерит и некоторые формы сальмонеллеза. Холера начинает ся чаще исподволь, с появления безболезненного разжиженного, а в последующем обильного водянистого стула. Рвота в отличие от сальмонеллеза и ПТИ другой этиологии присоединяется при холере в большинстве случаев позднее. У больных холерой боль в животе отмечается редко, дефекация происходит легко, без натуживания. Постоянным признаком являются выраженное урчание и переливание жидкости в кишечнике.