Неоднородность вируса обусловлена изменчивостью внутренних и поверхностных антигенов. Внутренние антигены (сердцевинные — S) представляют собой РНК вируса + белок. Они являются типоспецифичными, т. е. на их основании происходит классификация вирусов на серотипы (А, В, С).

К поверхностным антигенам (гликопротеидным — V) относятся гемагглютинин (H), отвечающий за проникновением вируса в клетку (связывание со специфическим рецептором) и нейраминидаза (N), отвечающий за выход вирусных частиц из поражённой клетки. Кроме того, вирус содержит 7 основных белков, ответственных за жизнедеятельность вируса (M1, M2, NS1, NS2, RV1, RV2, NP)[1].