Другим важным биологическим фактором, оказывающим влияние на эпидемический процесс, является резистентность возбудителя инфекции к антибактериальным препаратам. У разных возбудителей она различна. Так, для лечения брюшного тифа в течение многих десятилетий используется левомицетин (или хлорамфеникол), однако S. typhi в 98-99% и в настоящее время чувствительна к нему, и это также нужно учитывать при анализе причин более существенных успехов в борьбе с этой инфекцией по сравнению с другими острыми кишечными инфекциями. Напротив, шигеллы, некоторые сальмонеллы, эшерихии обладают выраженной способностью приобретать резистентность к антибактериальным препаратам. Установлено, что эволюция циркулирующих популяций возбудителей кишечных инфекций идет в направлении распространения слабовирулентных и резистентных к антибиотикам вариантов.