Другим важным биологическим фактором, оказывающим влияние на эпидемический процесс, является резистентность возбудителя инфекции к антибактериальным препаратам. У разных возбудителей она различна. Так, для лечения брюшного тифа в течение многих десятилетий используется левомицетин (или хлорамфеникол), однако S. typhi в 98-99% и в настоящее время чувствительна к нему, и это также нужно учитывать при анализе причин более существенных успехов в борьбе с этой инфекцией по сравнению с другими острыми кишечными инфекциями. Напротив, шигеллы, некоторые сальмонеллы, эшерихии обладают выраженной способностью приобретать резистентность к антибактериальным препаратам. Установлено, что эволюция циркулирующих популяций возбудителей кишечных инфекций идет в направлении распространения слабовирулентных и резистентных к антибиотикам вариантов.

Борьба с инфекциями, вызываемыми такими возбудителями, намного сложнее. Подъем заболеваемости шигеллезом Флекснера, наблюдающийся с конца 70-х годов, обусловлен возбудителями с измененными биологическими свойствами. По сравнению с S. flexneri, доминировавшими в 60-х годах, они обладают невысокой вирулентностью, большей резистентностью к антибиотикам (по степени и широте спектра), реже вызывают заболевания в тяжелой и среднетяжелой формах и чаще распространяются с помощью пищевого фактора передачи. По указанным признакам S. flexneri мало отличается от S. sonnei. Таким образом, если раньше тенденция к доминированию малопатогенных популяций проявлялась сменой видов возбудителей отдельных шигеллезов (Григорьева — Шиги —Флекснера —Зонне), то с середины 70-х годов она сохраняется за счет изменений внутри вида S. flexneri.

Изучение причин резкого увеличения в 70-е годы сальмонеллезов, вызванных S. typhimurium, показало, что определенный биологический вариант этого возбудителя отличается слабой вирулентностью, множественной резистентностью к антибиотикам, детерминированной R-плазмидами, устойчивостью к дезинфектантам, способностью при бытовом заражении вызывать у детей младшего возраста манифестные формы заболевания, а у взрослых в большинстве случаев бактерионосительство. Штаммы сальмонелл, обладающие указанными свойствами, получили название «госпитальных», хотя в настоящее время они распространены повсеместно в разных эпидемических очагах.