Возбудитель Pneumocystis jiroveci вызывает инфекцию только у пациентов со сниженным Т-клеточным иммунитетом (ВИЧ, дефицит питания, первичные иммунодефициты, приём препаратов, подавляющих иммунитет). До возникновения эпидемии ВИЧ заболевание регистрировали очень редко. Путь передачи — воздушно-капельный, при этом Pneumocystis jiroveci крепко фиксируется к пневмоцитам. Клинические признаки инфекции вызванной Pneumocystis jiroveci. Пациенты жалуются на постепенно развивающееся диспноэ (в течение нескольких дней или недель) и непродуктивный кашель. Боль в груди возникает редко.

Помимо повышения температуры, при физикальном осмотре не обнаруживают какой-либо патологии. При аускультации лёгких иногда выслушивают единичные хрипы. На начальной стадии заболевание не обнаруживают даже при рентгеноскопическом исследовании, так как изменения возникают только через некоторое время при диффузной консолидации воздушных полостей. У некоторых пациентов заболевание протекает в атипичной форме.