Резервуаром и источником гриппа H1N1 являются заражённые свиньи и заболевшие люди. Пациенты заразны не только в острый период болезни, но и во время выздоровления — они способны выделять вирус в течение 2-3 недель от начала заболевания (чем тяжелее болезнь, тем дольше выделяется вирус).Механизм передачи вируса свиного гриппа стандартный для всех гриппозных вирусов. Инфекция передаётся воздушно-капельным путём при вдыхании влаги и пылевых частиц, содержащих на себе возбудитель. Реже инфицирование происходит через предметы быта, на которые осели вирусные частицы.

Выделение вируса заболевшим человеком или животным происходит при кашле, чихании, дыхании, а в случае, когда заражён человек — при разговоре и пении. Вирусные частицы выделяются вместе со слюной, слизью, мокротой и рассеиваются вокруг больного на 2-3 метра. Исследования показали, что вирус гриппа A, нанесённый на поверхности из нержавеющей стали и твёрдого пластика, может выжить в течение 24–48 часов. На пористых материалах, таких как бумага и хлопок, вирус жизнеспособен в течение 8–12 часов .

Попадая с воздухом, аэрозольными и пылевыми частицами в дыхательную систему, вирусы оседают на слизистой носа, гортани, трахеи. Иногда они заносятся глубоко в мелкие бронхи и даже в лёгочные альвеолы.

Альвеолы и бронхи
В организме человека вирус свиного гриппа размножается очень быстро. Считается, что скорость этого связана с генетическими особенностями, появившимися при скрещивании генов вирусов человеческого и птичьего гриппа. Вероятнее всего, именно генетический компонент от вируса птичьего гриппа привнёс эту особенность, так как для него характерна высокая скорость размножения.

За несколько часов пребывания в организме количество вирусных частиц увеличивается в тысячи раз, а примерно через сутки достигает триллионных значений. Именно высокой скоростью размножения объясняется короткий инкубационный период заболевания .

В инкубационном периоде благодаря отсутствию катарального синдрома (кашля и боли в горле) вирус свиного гриппа выделяется в окружающую среду лишь в единичных случаях. Иначе обстоит дело с переболевшими — пациент распространяет вирус в течение 21-26 дней с момента появления клинических симптомов. Описаны случаи, когда этот период составлял 1-1,5 и даже 5 месяцев после перенесённого заболевания .

Иногда в начале болезни у пациентов возникают точечные кровоизлияния на слизистой мягкого нёба, в ряде случаев — на коже шейной области, чаще под подбородком. Связано это с повышением давления в верхней полой вене, которое приводит к нарушению венозного оттока. Как следствие, растёт давление внутри капилляров слизистой оболочки. Они могут повреждаться, не выдерживая напряжения, что вызывает появление точечных кровоизлияний, чаще на слизистой оболочке ротовой полости и мягкого нёба, реже — на коже лица, подбородка и шеи.При заболевании слизистые оболочки горла воспаляются. Ещё больше они раздражаются от кашля, при этом возможно появление микротравм. Рефлекторно организм увеличивает количество вырабатываемой слизи для очистки бронхолёгочной системы, защиты от воспаления и противодействия присоединению вторичной бактериальной инфекции.

Кроме того, на пике заболевания часто отмечается наличие беловатого налёта на языке, изменения стула в виде запоров или диареи. Нарушения в работе желудочно-кишечного тракта и характере стула связаны с изменением тонуса вегетативной нервной системы под воздействием интоксикации.

При заболевании выделяются токсины, избирательно воздействующие на нервную систему. Этим объясняется поражение вегетативного отдела нервной системы в виде её раздражения. Вирус также поражает слизистую оболочку желудка и кишечника, что приводит к сбоям работы пищеварительной системы, нарушениям процессов переваривания и всасывания питательных веществ и развитию диареи.