Источником инфекции является больной человек. Вирусы выделяются со слюной, мокротой, отделяемым носа — при кашле и чихании. Вирусы могут попасть на слизистые носа, глаз или верхних дыхательных путей непосредственно из воздуха, при тесном контакте с больным человеком; а могут оседать на различных поверхностях и далее попадать на слизистые оболочки через руки или при использовании общих с больным предметов гигиены.

Затем вирус попадает на слизистую верхних дыхательных путей (носа, глотки, гортани или трахеи), проникает в клетки и начинает активно размножаться. Всего за несколько часов вирус поражает практически всю слизистую верхних дыхательных путей. Вирус очень «любит» именно слизистую дыхательных путей, и не способен поражать другие органы. Именно поэтому неправильно применять термин «кишечный грипп» – грипп не может поражать слизистую кишечника. Чаще всего, то, что называют кишечным гриппом — лихорадка, интоксикация, сопровождающаяся поносом — является вирусным гастроэнтеритом.

Точно не установлено, благодаря каким защитным механизмам прекращается размножение вируса и наступает выздоровление. Обычно через 2-5 суток вирус перестает выделяться в окружающую среду, т.е. больной человек перестает быть опасным.