Период инкубации при свином гриппе составляет от 1 до 4-7 суток. Инфицированный человек становится заразным уже в конце инкубационного периода и продолжает активно выделять вирусы еще в течение 1-2-х недель, даже на фоне проводимой терапии. Тяжесть клинических проявлений свиного гриппа варьирует от бессимптомного до тяжелого течения с летальным исходом. В типичных случаях симптоматика свиного гриппа напоминает таковую при ОРВИ и сезонном гриппе. Заболевание начинается с повышение температуры до 39-40°С, вялости, разбитости, ломоты в мышцах, артралгии, отсутствия аппетита. При тяжелой интоксикации возникают интенсивные головные боли, преимущественно в лобной области, боли в глазных яблоках, усиливающиеся при движении глаз, светобоязнь. Развивается катаральный синдром, сопровождаемый першением и болью в горле, насморком, сухим кашлем. Характерной отличительной особенностью свиного гриппа, наблюдаемой у 30-45% больных, служит возникновение диспепсического синдрома (абдоминальных болей, постоянной тошноты, неоднократной рвоты, диареи).

Наиболее частым осложнением свиного гриппа служит первичная (вирусная) или вторичная (бактериальная, чаще пневмококковая) пневмония. Первичная пневмония обычно возникает уже на 2-3 день болезни и может приводить к развитию респираторного дистресс-синдрома и смертельному исходу. Возможно развитие инфекционно-аллергического миокардита, перикардита, геморрагического синдрома, менингоэнцефалита, сердечно-сосудистой и дыхательной недостаточности. Свиной грипп обостряет и утяжеляет течение сопутствующих соматических заболеваний, что влияет на общие перспективы выздоровления.