Несостоятельность определения «условно-патогенные микроорганизмы» очевидна, поскольку совершенно ясно, что для возникновения заболевания заражение любым микроорганизмом, в том числе и безусловно-патогенным, должно происходить при определенных условиях. Известно, например, что безусловно-патогенный для грызунов Yersinia pestis даже в больших дозах не вызывает заболевания чумой, если животное находится в состоянии зимней спячки. Нужны определенные условия для возникновения брюшного тифа, дизентерии, холеры и других болезней, вызываемых безусловно-патогенными для человека возбудителями. Такими условиями являются инфицирующая доза возбудителя, пути его проникновения в организм, состояние восприимчивости микроорганизма и др.

С другой стороны, непатогенные обитатели кожи и слизистых оболочек человека и животных в экстремальных условиях (при радиоактивном облучении, аглобулинемии, у животных-гнотобионтов, при лечении кортикостероидами, антилимфоцитарной сывороткой, антибиотиками) вызывают тажелые заболевания, т. е. ведут себя как патогенные микроорганизмы. Поиски факторов патогенности, которые позволили бы с достаточной достоверностью отличать патогенный микроорганизм от условно-патогенного, также не увенчались успехом. Так, условно-патогенный по общепринятым понятиям Staphylococcus aureus обладает относительно большим набором факторов патогенности (лейкоцидин, коагулаза, экзотоксин, гиалуронидаза, различные гемолизины, фибринолизин, ДПКаза и др.), тогда как у безусловнопатогенной для человека S. typhi этот набор ограничивается эндотоксином. Тяжесть вызываемого микробом заболевания также не может лежать в основе определения его патогенности. Так, Clostridium tetani — условно-патогенный микроорганизм — выделяет один из самых биологически активных экзотоксинов и вызывает заболевание, которое в досывороточный период давало летальность в 90-100% случаев; при современных методах лечения летальность также достаточно высока. Гнойные менингиты, пневмонии, пиелонефриты, перитониты, сепсис и много других воспалительных болезней, вызываемых условно-патогенными микроорганизмами S. aureus, Streptococcus pneumoniae, Escherichia coli и др., протекают, как правило, тяжело даже при интенсивной специфической химиотерапии.