Выявление заболевания сопряжено для педиатра со значительными трудностями. Во-первых, если отсутствуют кожные проявления, то врожденный герпес можно заподозрить с той же вероятностью, что и многие другие патологии неонатального периода, в частности, внутриутробные инфекции, гипоксическую травму и т. д. Кроме того, часто выявление возбудителя не является доказательством герпетической инфекции, поскольку основная масса населения в мире имела контакт с данным вирусом. Тем не менее, основой диагностики является обнаружение самого вируса или его антигенов в разных средах, например, в содержимом везикул, крови, мазках из носо- и ротоглотки, цереброспинальной жидкости и др.

Метод высокоспецифичен, но занимает много времени. По этой причине проводятся серологические исследования с целью определения специфических антител класса IgM, что является подтверждением острой фазы врожденного герпеса. Подтверждение диагноза возможно также на основании обнаружения антител класса IgG, при этом решающую роль играет не сам факт их наличия, а нарастание титра в динамике не менее чем в 4 раза (при отсутствии нарастания антитела являются материнскими). В диагностике герпетического энцефалита врачи опираются именно на данные серологического исследования. Врожденный герпес также подтверждается, исходя из анамнеза матери и результатов гистологического обследования последа.