В прямой зависимости от деятельности человека находится экология возбудителей внутрибольничных инфекций. В России, по данным выборочных исследований, внутрибольничные инфекции определяются у 6,6% пациентов с колебаниями от 2,8 до 7.9% на разных территориях страны.

Широкое применение антибиотиков с профилактической целью привело к тому, что снизилось внимание к санитарно-гигиеническим и противоэпидемическим мероприятиям, в результате повысилась заболеваемость и возник ряд новых научных и практических проблем. Широкомасштабное производство антибиотиков и не менее масштабное их применение в животноводстве, ветеринарии и медицине, в том числе в стационарах, ускорили темпы эволюции микроорганизмов, создали условия для формирования внутригоспитальных штаммов, нарастания вирулентности условно-патогенных микроорганизмов, приобретения признаков патогенности некоторыми представителями нормальной микрофлоры человека.