Характерная особенность системы воздухоносных путей — обнаружение разнообразных бактерий (в том числе патогенных) в верхних отделах и относительная стерильность зон газообмена. Поражения дыхательных путей доминируют среди всей инфекционной патологии.

Материал отбирают с учётом симптомов, указывающих на поражение тех или иных отделов дыхательного тракта. Чаще исследуют слизь из носа, носоглотки, зева, мокроту и промывные воды бронхов. Значительно реже изучают биоптаты лёгких, аспираты трахеи.
Микробы верхних дыхательных путей Материал забирают натощак до чистки зубов и споласкивания полостей рта, носа и глотки. При заборе материала из носа используют тампоны, отдельные для каждой ноздри. При отсутствии секрета тампоны можно смочить 0,9% раствором NaCl. Правильная техника забора материала из зева имеет решающее значение. Нельзя прикасаться тампоном к слизистой оболочке полости рта и языка. Поскольку микроорганизмы располагаются неравномерно, следует, используя один тампон, сначала обтереть правую миндалину, затем — нёбную дужку, язычок, левую миндалину и заднюю стенку глотки.

Носовые ходы. Наиболее часто выделяют дифтероиды, коагулаза-отрицательные стафилококки, бета-гемолитические стрептококки, нейссерии и др. Также можно обнаружить носительство коагузаза-по ложительного S. aureus, кишечной палочки, р- гемолитических стрептококков и др. У детей обнаруживают более разнообразный спектр микроорганизмов с доминированием грамотрицательной микрофлоры. Зев. Поскольку в этой области смешивается микрофлора ЖКТ и воздухоносных путей, то из зева выделяют комменсалы и патогены, относящиеся к обеим системам. Резидентные бактерии — микоплазмы, дифтероиды (включая палочку Хофманна), коагулаза-отрицательные стафилококки, а-гемолитические и негемолитические стрептококки, нейссерии, М. catarrhalis, микрококки, энтерококки, бактероиды, превотеллы, боррелии, трепонемы и актиномицеты. Несколько реже выделяют S. aureus, S. pneumoniae, кандиды, р-гемолитические стрептококки, нокардии, менингококки, Н. influenzae и бактерии кишечной группы.