Для решения специфических задач эпидемиологии инфекционных болезней используются бактериологические, вирусологические, паразитологические, иммунологические, генетические, химические, физические, математические и другие методы исследований. Однако в отличие от микробиологии, иммунологии, генетики, математики эти методы применяются для изучения закономерностей эпидемического процесса и обретают эпидемиологический смысл и направленность.

Так, микробиологический метод используется для изучения закономерностей циркуляции паразитических микроорганизмов в человеческом обществе; иммунологический — для оценки роли иммунологической структуры коллектива, формирующейся под влиянием его естественной и искусственной иммунизации, в возникновении, развитии и угасании эпидемического процесса; биохимический и генетический — для изучения механизмов формирования иммуногенности, вирулентности, антибиотикорезистентности и других свойств патогенных микроорганизмов, с одной стороны, и механизмов формирования врожденного и приобретенного иммунитета макроорганизма, с другой; математические (статистические) методы — в целях эпидемиологического анализа, для моделирования эпидемического процесса, прогнозирования динамики его развития и др.

Эпидемиологический метод, позволяющий выявить закономерности распределения заболеваний во времени, по территории и среди различных групп населения, дает возможность сконцентрировать профилактические мероприятия на временном отрезке, предшествующем подъему заболеваемости, на территории, где вероятность ее возникновения наиболее высока, и, наконец, на тех группах населения, которые подвержены наибольшему риску заболевания. Кроме того, эпидемиологический метод является одним из наиболее эффективных для установления возможных причинно-следственных отношений при возникновении массовых заболеваний, открывая тем самым пути для поиска средств и методов предупреждения воздействия определенных негативных факторов на население или нейтрализации результатов этого воздействия.