При респираторном микоплазмозе, в отличие от других ОРВИ, инкубационный период длительный (от 8 до 35 дней). Заболевание начинается остро, протекает с резким сухим, иногда приступообразным кашлем, болью за грудиной, повышением температуры до 38,5-39°С. Спустя несколько дней часто присоединяется атипичная пневмония, большей частью распознаваемая только рентгенологически (интерстициальные или очаговые сегментарные тени с преимущественным поражением базальных участков нижних долей). Аускультативные изменения скудные. Лейкоцитоз не выражен, но часто ускорена РОЭ.

Респираторные заболевания, вызванные микоплазмой, могут протекать только по типу острого бронхита, при этом часты трахеобронхиальные дискинезии с длительным мучительным кашлем Наряду с поражением дыхательных путей нередко наблюдаются внереспираторные или сочетанные формы микоплазмоза с поражением мочеполовых органов, печени, суставов, кожи, нервной системы. Легионеллез, протекающий в виде респираторного заболевания, начинается остро с нарастающего недомогания, диффузной боли в мышцах, головной боли, озноба, повышения температуры, в половине случаев с сухого кашля, боли и сухости в глотке, чувства сдавления за грудиной. У части больных наблюдаются боль в животе и рвота, нарушение памяти и бессонница. Заболевание нередко связывают с пользованием кондиционерами. Менингококковый назофарингит представляет одну из форм поражения верхних дыхательных путей при менингококковой инфекции. Характеризуется сухим кашлем, болью и першением в горле, охриплостью, частой заложенностью носа, реже насморком со скудными слизисто-гнойными выделениями.