Возможность управления эпидемическим процессом определяется построением и реализацией двух эффективных эпидемиологических подсистем — надзора и контроля. Являясь первой ступенью системы управления эпидемическим процессом, надзор призван обеспечить эпидемиологическую диагностику и на этой основе разработать «управляющие решения», т. е. научно обоснованные тактические и стратегические рекомендации. Первые направлены на оперативную профилактику и борьбу с инфекционными болезнями, вторые- на обеспечение заданного уровня основных показателей эпидемического процесса.

Второй ступенью системы управления эпидемическим процессом является контроль, конечная цель которого состоит в поддержании на заданном уровне основных показателей эпидемического процесса с помощью реализации комплекса тактических и стратегических мероприятий, разработанных в ходе эпидемиологического надзора. Управление эпидемическим процессом немыслимо без научных исследований, направленных на его глубокое изучение. Важнейшим средством (способом) осуществления эффективной системы управления в полном объеме (надзор, контроль, исследования) является эпидемиологический анализ. Проведение эпидемиологического анализа в исследовательских целях предшествует эпидемиологическому контролю.