Впервые бактериальный токсин был обнаружен в 1888 г. Ру и Йерсен сообщили, что безмикробные фильтраты Corynebacterium diphtheriae обладают летальным эффектом для морских свинок. Характер патологоанатомических изменений у погибших морских свинок после введения им фильтратов напоминал изменения, развивающиеся у этих животных после заражения летальной дозой живой культуры С. diphtheriae. Стало понятно, что не сам микроб, размножаясь в тканях макроорганизма, вызывает их поражение, а что эти поражения развиваются в результате действия специфических бактериальных продуктов, совокупность которых и стали называть «токсином». В последующем было обнаружено, что бесклеточные фильтраты Clostridium botulinum и Clostridium tetani также обладают летальным эффектом в отношении экспериментальных животных. Со временем число выявленных видов бактерий, способных продуцировать токсины, существенно увеличилось. Здесь уместно еще раз подчеркнуть, что «токсином» сначала называли стерильные культуральные фильтраты патогенных бактерий, которые обладали токсическим эффектом при введении их экспериментальным животным.